Evropská územní spolupráce je realizována prostřednictvím přeshraniční, nadnárodní a meziregionální formy spolupráce a dvou síťových programů: ESPON 2013 (Monitorovací síť pro evropské územní plánování) a INTERACT II (program pro výměnu zkušeností s přeshraniční, meziregionální a nadnárodní spoluprací). Operační programy přeshraniční spolupráce se týkají vždy hraničních regionů NUTS III sousedících s regiony v jiném členském státu. Pro Českou republiku tak existuje operační program (OP) pro přeshraniční spolupráci s Polskem, Saskem, Bavorskem, Rakouskem a Slovenskem.