Dále existují tzv. vícecílové operační programy, které jsou financovány jak z prostředků určených pro cíl Konvergence, tak z prostředků pro cíl Regionální konkurenceschopnost a zaměstnanost a způsobilým územím je proto celá Česká republika včetně Hl. m. Praha. Vícecílovými operačními programy jsou OP Lidské zdroje a zaměstnanost (projekty aktivní politiky trhu práce, modernizace veřejné správy a veřejných služeb a mezinárodní spolupráce), OP Vzdělávání pro konkurenceschopnost (projekty vytvářející systémový rámec celoživotního učení), Integrovaný operační program (modernizace infrastruktury pro veřejnou správu a národní podpora cestovního ruchu) a OP Technická pomoc.
Na tematické operační programy (TOP) cíle Konvergence je vyčleněno 21,2 mld. € . Pro doplnění dodejme, že z prostředků cíle Regionální konkurenceschopnost a zaměstnanost jsou TOP navýšeny o dalších 75,8 miliónů € .
